本學院由本校技術學院時期的海洋學群及電資學群共同組成。在發展學校重點特色計畫下已有多年合作經驗，並對澎湖發展海洋資源產業建立良好夥伴關係。2005年8月1日，本校改名為科技大學，成立「海洋資源暨工程學院」。

　　本學院所屬教學單位，現有5個學系(日四技)及3個研究所(碩士班)。依學群分述如下： 海洋學群：水產養殖系所(附設進修部二專，已停招)、食品科學系所(研究所97學年度招生)。 電資學群：電機工程系(電資所）、電信工程系與資訊工程系。

本院願景為：

1. 培育海洋資源與電資科技領域之中高階專業人才，包括水產養殖、食品科學與電資工程等領域。
2. 均衡人文與專業，提升教學品質。
3. 加強實務型研發，激發技職特色。
4. 發展綠能低碳技術，推動本校及澎湖為低碳示範學校與島嶼。

　　本院之創設，旨在培育具有國際觀之海洋資源與電資工程人才，以提供產業界發展所需之人力資源，配合國家發展精緻農業、文化創意與綠能產業政策，並善用澎湖當地豐富之天然海洋與風力資源，帶動地方產業經濟繁榮進步，以提升島嶼整體海洋生技與綠能產業技術，發展我國海洋生技、綠能與電資產業之目的而設立。

　　學院經教師共同討論後凝聚共識，以發展海洋生物科技及綠色能源科技為未來發展目標，同時在院級設置海洋珍珠研究中心、觀賞魚研究中心與低碳島研究中心，整合院內資源配合國家未來政策之發展；學院設有全國第一座海上箱網及珍珠養殖實習場（28公頃海域）、全國第一座風車公園(5000 m2)及全國第一座50kw太陽光電水產養殖溫室示範場，並與經濟部中央標準局及財團法人台灣大電力研究中心合作，共同設置中、小型風力機國際檢測認證場(4.5公頃) ，作為國家未來最重要中、小型風機之檢測認證場地。同時向教育部爭取補助本校興建海洋科技大樓(3億4仟萬元)，大樓規劃以綠色能源(風力與太陽光電)及海洋生物科技為教學與研究發展方向，大樓也設置食品科學展示館、綠能教育博物館與水產養殖科技展示中心，作為學生與社區居民綠能與海洋科技教育中心。

　　本院未來發展將積極以海洋生物科技與綠能產業為主軸，利用澎湖特殊強風與海洋無污染之環境，發展成為我國海洋水產生技與綠能產業人才培育重要場所，並打造本校與澎湖成為我國低碳示範學校與島嶼。

1. 建立綠能科技研究的整合團隊：由電機工程系、電信工程系及資訊工程系形成團隊，進行綠能及相關資通訊的研究，協助綠能科技的提升。
2. 建立海洋科技研究的整合團隊：由水產養殖系及食品科學系形成團隊，進行海洋水產養殖及食品開發的研究，協助海洋科技的提升。

1. 培養海洋與電資科技專業人才。
2. 培養學生創新與資訊應用能力。
3. 建立學生國際觀與外語能力。
4. 培養學生德、智、體、群、美、技六育並重之全人教育。

1. 厚植專業領域與研發能力。
2. 培養學生獨立思考與創新思維能。
3. 培養學生國際觀與資訊能力。
4. 培養學生外國語文之能力。
5. 人文關懷與公民教育。
6. 敬業態度與責任感。